基础医学部立足于行业和岗位需求，遵循现代医学要求基础医学各学科相互交叉渗透的趋势，重视基础与临床的相互转化，积极开展学科建设，以带动基础医学各领域的发展，更好地服务于临床。现建有浙江省级重点学科（扶植）1个、校级重点学科2个。