本学位点1982年开始招收医学微生物学专业硕士研究生，1986年微生物学与免疫学、寄生虫学两个二级学科硕士学位点获批，2001年微生物学与免疫学、寄生虫学调整为病原生物学学位点，2018年获批设立基础医学一级学科硕士学位点。学位点主建学院为杭州医学院基础医学与法医学院，由院检验医学院、生物工程学院及附属人民医院等多部门共建。 近40年来，本学科在著名病毒学家毛江森院士带领下，在甲肝疫苗、寄生虫病、生殖医学、生物工程、诊断技术等领域取得了突出成就，培养了一批高水平专业人才。现有病原生物学、免疫学、病理生理学、医学病毒学、临床医学基础、分子医学、生殖医学、免疫与分子诊断等研究领域导师299人，包含来自浙江大学等单位校外高水平导师41人。具有病原分子生物学（省医学重点（支撑）学科）、浙江省医学生物工程疫苗研究开发重点实验室、浙江省基础医学一流学科（B类）、疾病分子诊断与技术学（省医学重点（创新）学科）等科研平台。 学位点秉持“求真、博爱、创新、服务”的院训，贯彻落实国家中长期教育改革和发展规划纲要精神，实施科教结合，协同育人，以服务国家和浙江省重大需求为指导，融通基础-临床优势资源，围绕生命健康研究前沿，将理论教学和科研实践结合，为全国医学院校、大型医院、疾病预防控制中心和相关企事业单位输送具有创新实践能力的基础医学研究人才。

生物与医药专业学位硕士点是学校着眼于生物与医药产业蓬勃发展，需大量高层次生物与医药领域专业技术人才的现状，由基础医学与法医学院，主建，整合学校疫苗工程技术、生物学、药学、医学、医学技术等学科力量建设的工科专业学位硕士点，于2021年成功获批，并于2023年开始招生。 学位点采用课程教学、专业实践和学位论文相结合的培养方式。实行校内外“双导师”制的培养机制。依托新型疫苗浙江省工程研究中心、病原分子生物学（省医学重点（支撑）学科）、浙江省医学生物工程疫苗研究开发重点实验室等平台，以生物疫苗、诊断试剂等关键技术创新为特色，围绕生物技术与工程、疫苗学工程、生物医学工程、食品工程等研究方向，结合区域经济发展需求，直接面向生物医药技术研发、生产及应用等领域，培养适应我国生物医药事业发展需要，具有良好政治思想素质、职业道德素养和社会责任感，专业基础扎实、工程实践能力强，并具有一定创新能力的应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才。